ユーロ・ブリタニアとユーロピア共和國連合（E.U.）の戦爭は大きな転機を迎えようとしていた－－。亡國E.U.を混亂に陥れたテロリスト「方舟の船団」。阿第章それがユーロ・ブリタニアの計略だと見破ったアキトたちは、基德記憶その本拠である大型飛行艇ガリア・グランデへ乗り込み、憎恨因縁の敵・アシ ュレイと激しい戦闘を繰り広げる。亡國戦闘を見守るレイラだったが、阿第章突如アキトたちからの連絡が途絶する。基德記憶必死の通信を試みるも、憎恨アキトたちが不在のヴァイスボルフ城がユーロ・ブリタニアの襲撃を受ける。亡國戦力も無く、阿第章兵士もいないレイラたちの前に、基德記憶聖ミカエル騎士団総帥のシンが操る黃金のナイトメアフレーム・ヴェルキンゲトリクスが森を駆け、憎恨圧倒的亡國な攻撃力で迫りくる！wZERO部隊が絶體絶命の時、阿第章首都パリでは、基德記憶スマイラス將軍によるクーデターが決行される。E.U.政権を掌握したスマイラスは國民に宣言する。「レイラは死んだ」。シンの絶望、レイラの悲しみ、そしてアキトの怒りを飲み込んで運命の歯車が回る！