圍繞蟹黃堡的海綿寶寶神秘配方，痞老板和蟹老板展開瞭新一輪的海綿寶寶戰爭。雖然海綿寶寶成功挫敗痞老板的海綿寶寶猛烈攻勢，但是海綿寶寶卻依然中瞭對方的詭計。關鍵時刻，海綿寶寶配方憑空消失，海綿寶寶直接後果便是海綿寶寶導致沒人能再做出蟹黃堡。對於日常極度依賴蟹黃堡的海綿寶寶比奇堡的居民來說，這一消息無異於晴天霹靂。海綿寶寶小鎮的海綿寶寶寧靜蕩然無存，海底世界陷入末世般的海綿寶寶混亂與動蕩之中。由於搭救瞭痞老板，海綿寶寶海綿寶寶被大傢當作叛徒對待。海綿寶寶危機時刻，海綿寶寶海綿寶寶、海綿寶寶派大星、痞老板、蟹老板、松鼠珊蒂、章魚哥得以穿越時空，並順著蟹黃堡的香味來到瞭人頭攢動的沙灘上。 在那裡他們遇見瞭利用詭計偷走秘方的胡子海盜（安東尼奧·班德拉斯 Antonio Banderas 飾），於是一場蟹黃堡的攻防戰由此展開……